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La sede istituzionale di Pro.M.I.S. è quella del Ministero della Salute, mentre la sede operativa è presso la Regione coordinatrice che per il primo anno sarà il Veneto, per continuità e dimostrata capacità gestionale.
Centrale nella nuova organizzazione è il ruolo del Coordinamento generale, composto da 8 membri: 4 rappresentanti del Ministero, 1 della Regione coordinatrice, 3 delle Regioni/province autonome, a rotazione. Spetta ad esso, non soltanto l’elaborazione delle linee strategiche e di indirizzo, anche tramite il raccordo con le istituzioni europee e il coinvolgimento di altre Direzioni e di altre organizzazioni, ma anche l’indirizzo, la vigilanza e il controllo sulle componenti tecnico – operative e la verifica della congruità delle previsioni di spesa. Inoltre al Coordinamento generale spetta l’approvazione del programma operativo pluriennale e dei programmi esecutivi annuali per l’internazionalizzazione, dei rapporti periodici prodotti dalle componenti tecnico – operative
Il Comitato tecnico-operativo (3 rappresentanti del Ministero e un gruppo di referenti regionali, nel numero massimo di 1 per Regione/provincia autonoma), ha il compito di promuovere iniziative in funzione dei bisogni e delle priorità di programmazione.
Lo staff è composto da 13 persone: 2 a tempo pieno (1 coordinatore, 1 segreteria); 4 esperti part time (1 Programmazione priorità, 2 informazione e comunicazione, 1 partecipazione ai processi EU); 7 tutor a chiamata che si occuperanno della partecipazione ai programmi di finanziamento.